NeoBio Projekt besteht aus Bioinformatikalgorithmen in Java.

Welche Algorithmen? Die aktuelle Version besteht hauptsächlich aus (paarweise) Reihenfolgenausrichtungsalgorithmen wie den klassischen Methoden der dynamischen Programmierung von Needleman u. Wunsch (globale Ausrichtung) und Smith u. Waterman (lokale Ausrichtung).

Noch etwas? Ja ist ein effizienterer Anflug, wegen Crochemore, Landauer und Ziv-Ukelson auch erhältlich.

Er verwendet Lempel-Ziv Komprimierung, um die Berechnung der Grundmasse der dynamischen Programmierung zu beschleunigen. Er beruht auch auf dem SMAWK Algorithmus, wegen Aggarwal et al., das alle Säulemaxima einer total monotonen Grundmasse in der linearen Zeit berechnet.

Summen… Und alle Reihenfolgenausrichtungsalgorithmen unterstützen einfache einkerbende Entwürfe sowie Ersatzgrundmassen wie Standard-BLOSUM und PAM-Grundmassen. Aber bis jetzt unterstützen sie nur konstante Abstandsstraffunktionen.

Zukünftige Versionen können in Verbindung stehende Algorithmen wie mehrfache Reihenfolgenausrichtung, Datenbank- Recherche und Proteinzellevorhersage enthalten.

Wow… nicht zuletzt, liefert NeoBio auch ein einfaches GUI und eine Befehlszeile gegründete Werkzeuge, um die Reihenfolgenausrichtungsalgorithmen auf DNA-und Proteinreihenfolgen laufen zu lassen.