Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunkt ist eine Perl-Baugruppe, die Funktionen für manipulierenknotenpunkte in den Bäumen zur Verfügung stellt.

SYNOPSE

neues Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunkt;

METHODEN

neu

Name: neu
Verbrauch: $node = neues Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunkt ();
Funktion: Erstellt ein neues Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht
Umsätze: Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht
Args: keine

Klon

Name: Klon
Verbrauch: mein $newblock = $block->clone ();
Funktion: eine Blocknachricht klonen (flach)
Umsätze: Blocknachricht
Args: keine

get_seq

Name: get_seq
Verbrauch: $sequence = $node->get_seq ();
Funktion: Zurückbringt die Knotenpunktreihenfolge ringt
Umsätze: Reihenfolge (Zeichenkette)
Args: keine

set_seq

Name: set_seq
Verbrauch: $node->set_seq ($sequence);
Funktion: Einstellt Reihenfolge des Knotenpunktes t
Umsätze: keine
Args: Reihenfolge (Zeichenkette)

set_parent_node

Name: set_parent_node
Verbrauch: $node->set_parent_node ($parent);
Funktion: Einstellt den Muttergesellschaftknotenpunkt des Knotenpunktes
Umsätze: keine
Args: Muttergesellschaftknotenpunkt (Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht)

get_parent

Name: get_parent
Verbrauch: $parent=$node->get_parent ();
Funktion: Zurückbringt den Muttergesellschaftknotenpunkt des Knotenpunktes ingt
Umsätze: Muttergesellschaftknotenpunkt (Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht) oder undef, wenn nicht vorhanden
Args: keine

set_length

Name: set_length
Verbrauch: $node->set_length ($length);
Funktion: Einstellt die Knotenpunktlänge kt (die Länge der Zweigniederlassung bedeutend, die zu den Knotenpunkt führt)
Umsätze: keine
Args: Länge (Zahl)

get_length

Name: Länge
Verbrauch: $length=$node->get_length ();
Funktion: Zurückbringt die Knotenpunktlänge ringt
Umsätze: Länge (ganze Zahl) oder undef, wenn nicht vorhanden
Args: keine

get_total_length

Name: get_total_length
Verbrauch: $total_length = $node->get_total_length ();
Funktion: Erhält die Gesamtzweigniederlassunglänge des Knotenpunktes und des dessen aller Kinder (???)
Umsätze: Gesamtzweigniederlassunglänge
Args: keine

set_support_value

Name: set_support_value
Verbrauch: $node->set_support_value ($bootstrap);
Funktion: Einstellt den Zweigniederlassungstützwert verbunden mit diesem Knotenpunkt em
Umsätze: keine
Args: Bootstrapwert (ganze Zahl)

get_support_value

Name: get_support_value
Verbrauch: $bootstrap=$node->get_support_value ();
Funktion: Zurückbringt den Zweigniederlassungstützwert assung, der mit diesem Knotenpunkt verbunden ist
Umsätze: Wert (ganze Zahl) oder undef das Urprogramm laden, wenn nicht vorhanden
Args: keine

set_name

Name: set_name
Verbrauch: $node->set_name ($name);
Funktion: Einstellt den Knotenpunktnamen t
Umsätze: keine
Args: Name (Zeichenkette/ganze Zahl)

get_name

Name: get_name
Verbrauch: $name = $node->get_name ();
Funktion: Zurückbringt den Knotenpunktnamen ringt
Umsätze: Name (ganze Zahl/Zeichenkette) oder undef, wenn nicht vorhanden
Args: keine

is_out

Name: is_out
Verbrauch: $node->is_out ();
Funktion: Zurückbringt 1 bringt, wenn der Knotenpunkt ein HERAUS oder 0 ist, wenn er nicht ist (interner Knotenpunkt)
Umsätze: 1 oder 0
Args: keine

add_child

Name: add_childTU
Verbrauch: $node->add_child ($node);
Funktion: Addiert ein Kind einem vorhandenen Knotenpunkt
Umsätze: keine
Args: Kind (Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht)

Abstand

Name: Abstand
Verbrauch: $distance = $node1->distance ($node2);
Funktion: Berechnet Baumabstand von einem Knotenpunkt zu anderen (?)
Umsätze: Abstand (Gleitkommazahl)
Args: node1, node2 (Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachrichten)

To_string

Name: To_string
Verbrauch: mein $string; $root->tree_string ($string, 0)
Funktion: aufbaut rekursiv Newick Baumzeichenkette von Wurzel zu Spitzen ut
Umsätze: keine
Args: Hinweis auf Zeichenkette, Boolesche $remove_inode_names Markierungsfahne

set_children

Name: set_children
Verbrauch: $node->set_children ($children);
Funktion: Einstellt Kinder lt
Umsätze: $node
Args: arrayref der Kinder

get_children

Name: get_children
Verbrauch: @children = @ {$node->get_children ()};
Funktion: Zurückholt Liste der Kinder ckholt
Umsätze: Reihe Kinder (Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachrichten)
Args: keine

Weg

Name: Weg
Verbrauch: @descendants = $node->walk ();
Funktion: Wege durch Baum und kompiliert eine „clade Liste“
(einschließlich $self und alle I-Knoten und Otus gesunken von $self)
Umsätze: Reihe Knotenpunkte
Args: im Allgemeinen gehen keine, zwar () ruft recurseively mit
2 Argumente: die Knotenpunktliste bis jetzt und eine zählenvariable für das I-Knoten-Benennen

get_otus

Name: get_otus
Verbrauch: @listOTU = @ {$node->get_out ()}; (?)
Funktion: Zurückholt Liste von OTUs ckholt
Umsätze: Hinweis auf Reihe des OTUs (Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachrichten)
Args: keine

printall

Name: printall
Verbrauch: $tree_as_string = $self->printall ();
Funktion: Erhält die Knotenpunkteigenschaften wie eine mit Laschen versehene Zeichenkette für Drucken freundlich
formatierte Bäume (entwickelt von Tom)
Umsätze: Formatierte Zeichenkette
Args: Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht

Entdeckung

Name: Entdeckung
Verbrauch: $node = $node->find ($name);
Funktion: Findet das erste Vorkommen eines Knotenpunktes, der Namen im Baum genannt
Umsätze: Bio:: VERBINDUNG:: Knotenpunktnachricht
Args: Name (Zeichenkette)

Pflaume

Name: Pflaume
Verbrauch: $node->prune ($OTUlist);
Funktion: Entfernt alles vom Baum außer dem OTUs, der in $OTUlist spezifiziert
Umsätze: keine
Args: Liste von OTUs (Zeichenkette)

Gleichgestellte

Name: Gleichgestellte
Verbrauch: $node->equals ($another_node);
Funktion: vergleichen, wenn zwei Knotenpunkte (und ihre Unterbäume) gleichwertig sind
Umsätze: 1 wenn Gleichgestelltes oder 0 wenn nicht
Args: eine andere Knotenpunktnachricht

get_siblings

Name: get_siblings
Verbrauch: $node->get_siblings ();
Funktion: Geschwisterknotenpunkte dieses Knotenpunktes erhalten
Umsätze: Reihenhinweis der Geschwisterknotenpunkte
Args: keine

Is_sibling

Name: Is_sibling
Verbrauch: $node1->is_sibling ($node2);
Funktion: Prüfungen, ob node1 und node2 Geschwister sind
Umsätze: 1 wenn zutreffend, 0, wenn falsch
Args: zweiter Knotenpunkt

annehmen

Name: annehmen
Verbrauch: $parent->adopt ($child, $overwrite_children);
Funktion: ein Muttergesellschaftkind Verhältnis zwischen zwei Knotenpunkten bilden
Umsätze: keine
Args: der Kindknotenpunkt, Boolesche Clobbermarkierungsfahne

Mähdrescher

Name: Mähdrescher
Verbrauch: mein $newblock = $node->combine ($child);
Funktion: entfernt einen Knotenpunkt vom Baum, effektiv indem das Schieben seines Einzelkindes herauf die Zweigniederlassung zu seiner ehemaligen Stellung
Umsätze: keine
Args: der Kindknotenpunkt
Methoden: Kombiniert den Kindknotenpunkt und den aktuellen Knotenpunkt indem die Zuordnung
Name, Bootstrapwert, Kinder und andere Eigenschaften des Kindes. Die Zweigniederlassunglänge
vom Bargeld addiert der Knotenpunkt der Kindknotenpunkt-Zweigniederlassunglänge.

set_depth

Name: set_depth
Verbrauch: $root->set_depth ();
Funktion: Feststellt Tiefe im Baum jedes Knotenpunktes unter diesem sem
Umsätze: keine
Args: Diese Knotenpunkttiefe

get_depth

Name: get_depth
Verbrauch: $depth = $node->get_depth ();
Funktion: Zurückbringt die Knotenpunkttiefe (Zahl der Erzeugungen entfernt von der Wurzel) im Baum rnt
Umsätze: ganze Zahl, die Knotenpunkttiefe darstellt
Args: keine

find_lengths

Name: find_lengths
Verbrauch: $cladogram = 1 es sei denn $root->find_lengths ();
Funktion: Versucht, festzustellen, wenn Zweigniederlassunglängen im Baum anwesend sind
Umsätze: 1, wenn Längen gefunden, 0 wenn nicht
Args: keine

mrca

Name: mrca
Verbrauch: $mrca = $out1-> mrca ($out2, $treename);
Funktion: Entdeckungen der meiste neue gemeine Vorfahr von out1 und von out2
Umsätze: Knotenpunktnachricht des meisten neuen gemeinen Vorfahrs
Args: Verbindungsnachricht, zwei heraus Nachrichten, Name des Baums, zum innen zu schauen

ClikMenu Projekt ist eine Bibliothek der Funktionen für das Erstellen der Drop-Down-- und Popup- Menüs mit Javascript.

Träger für Mehrebenen (d.h. kaskadierend oder hierarchisch) Menüs ist Standard, und Eingaben können URI Links sein, „onmousedown“ - Funktionsaufrufe, Klartextkennsätze oder Unterprogramme schreiben.

ClikMenu ist mit Firefox, Internet Explorer 6 und anderen neuen Datenbanksuchroutinen kompatibel. Es gibt keine Serverseite Anforderungen.

X überwacht Schnittstellen-Überwachungsgerät (abbriviated xifmon) jede mögliche Netzschnittstelle (am geeignetsten, die ppp# Schnittstelle) für Verkehr, Belastungsdurchschnitt und viele Statistiken using purly ioctl () direkt zum Linuxkern.

Es hat auch die Optionen, zum von `laufen zu lassen anschließt und `Trennung scripts, für Benutzer des anwählbaren Modems, die die einfache Verbindung und das Abschalten wünschen.