Lack-Läufer addiert ein Service-Menü für alle Dateitypen. Dieses Service-Menü ruft gerade die Datei in der Befehlszeile using das aktive Faltblatt als Arbeitsfaltblatt.

Bildet den Betrieb einiger einfacherer Indexe und Anwendungen viel (einige erfordern Arbeitsfaltblatt, zu sein die selben, wo sie lokalisiert, also double-clicking nicht Arbeit tut).

Möglicherweise sein eine gute Verlegenheit, es zur Verfügung zu stellen nur für Dateien, die die vollziehbare Erlaubnis haben

IPC:: Lack-Läufer:: Ist eine Verpackung des einfachen Systems () einfach.

SYNOPSE

# einen Befehl und einen Check laufen lassen, ob er ausfiel
Gebrauch IPC:: Lack-Läufer:: Einfach;
laufen („Echo hallo, O-grausame Welt“)
oder „den verlassenen Befehl“ sterben;

# den Ausfall beschreiben
Gebrauch IPC:: Lack-Läufer:: Einfaches qw ($ERR);
laufen („Echo hallo, O-grausame Welt“)
oder den verlassenen Befehl sterben „: $ERR“;

# Gebrauch: alle Marke, anstatt, $ERR ausdrücklich zu fordern
Gebrauch IPC:: Lack-Läufer:: Einfaches qw (: alle);
laufen („Echo hallo, O-grausame Welt“)
oder den verlassenen Befehl sterben „: $ERR“;

# mit Fehlermeldung sterben, wenn Befehl nicht Umsatz 0 tut
Gebrauch IPC:: Lack-Läufer:: Einfaches qw (: Tödlich);
Lack-Läufer („Echo hallo, O-grausame Welt“);

# andere Ausgangswerte erlauben, ohne zu sterben
Gebrauch IPC:: Lack-Läufer:: Einfaches qw (: Tödlich);
laufen (Befehl => [„Echo“, „hallo, O-grausame Welt!“ ],
erlaubtes => [1, 2, 5]);

Diese Baugruppe soll sein eine sehr einfache, Geradeausverpackung um den Aufruf des Systems (), ihn eher wie andere builtins benehmen zu lassen.

Lack-Läufer () zurückbringt einen zutreffenden Wert, wenn der Befehl und einen erfolgreichen Status Code zurückzubringen durchgeführt eichen, und falsch anders. Der Grund für den Ausfall gelagert im $IPC:: Lack-Läufer:: Einfach:: IRREN Variable (die gerade $ERR ist, wenn Sie entweder $ERR oder importieren: alle). Die Beschreibung des Grundes gezogen fast direkt von den Unterlagen des Systems ().
Wahlweise können Sie importieren: Tödliche Marke, die Lack-Läufer () veranlaßt () mit einer passenden Meldung zu sterben, wenn der Befehl aus irgendeinem Grund ausfällt.

Wenn Sie ungleich Nullausgangswerte erlauben aber unerwartete Fehler einschließen noch wünschen möchten, können Sie eine erweiterte Aufrufsyntax verwenden. Aufruflack-läufer () mit einer Einstellung key=>value zusammenpaßt enpaßt. Die zwei implementierten Schlüssel sind Befehl (ein Reihenhinweis, der den Befehl enthält zu laufen) und gewährt (ein Reihenhinweis der Ausgangswerte, die, erlaubt, ohne zu verursachen laufen gelassen () um falsches zurückzubringen oder eine Ausnahme zu werfen.)

Versuch ist eine verbesserte Prüfungsverdrahtung für Indexe, die HAHN (Prüfung alle Protokoll) ausstrahlen. Er gegabelt von der Prüfung:: Verdrahtung und er verwenden HAHN:: Syntaxanalyse.

Das Projekt verwendet, um den Ausgang der Indexe zu analysieren und ihn dem Benutzer in einer zusammengefaßten Form darzustellen. Versuch kennzeichnet Trennung des Prüfung-laufen lassennachrechners und die vorgelagerte Befehlszeile, ein „runprove“ Hilfsprogramm für laufende Prüfungen von der Befehlszeile, ein Steckbarsystem und Farben für die zusammenfassende Leitung.

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: fasta ist eine Bioperl Kategorie für Reihenfolgendatenbank- Recherche.

Parameter:

fasta (Excl)
Fasta Programm

Abfrage (Reihenfolge)
Abfragereihenfolge Datei
Rohr: seqfile

seqtype (Excl)
Ist er eine DNA-oder Proteinreihenfolge (- N)

protein_db (Excl)
Protein-Datenbank

nucleotid_db (Excl)
Nucleotid Datenbank

break_long (ganze Zahl)
Lange Bibliotheksreihenfolgen in Blöcke brechen (- N)

ktup (ganze Zahl)
ktup: Empfindlichkeit und Drehzahl der Recherche (Protein: 2, DNA: 6)

optcut (ganze Zahl)
OPTCUT: der Schwellwert für Optimierung. (- c)

gapinit (ganze Zahl)
Strafe für Abstandsinbetriebnahme (- 12 durch Zahlungseinstellung für fasta mit Proteinen, -16 für DNA) (- f)

gapext (ganze Zahl)
Strafe für Abstand extention (- 2 durch Zahlungseinstellung für fasta mit Proteinen, -4 für DNA) (- g)

high_expect (Gleitbetrieb)
Maximaler Erwartungswertschwellwert für das Anzeigen der Kerben und der Ausrichtungen (- E)

low_expect (Gleitbetrieb)
Minimaler Erwartungswertschwellwert für das Anzeigen der Kerben und der Ausrichtungen (- F)

nucleotid_match (ganze Zahl)
Belohnung für eine nucleotid Übereinstimmung (- r)

nucleotid_mismatch (ganze Zahl)
Strafe für eine nucleotid Nichtübereinstimmung (- r)

Grundmasse (Excl)
Einkerbende Grundmassedatei (- s)

X_penalty (ganze Zahl)
Strafe für eine Anpassung an X (unabhängig der PAM-Grundmasse) (- x)

Frameshift (ganze Zahl)
Strafe für Frameshift zwischen Codon (schnelles [x-y] /tfast [x-y]) (- h)

frameshift_within (ganze Zahl)
Strafe für Frameshift innerhalb eines Codon (fasty/tfasty) (- J)

threeframe (Schalter)
Recherche nur die drei Vorwärtsrahmen (tfasta) (- 3)

umwandeln (Schalter)
Ergänzung aufheben die Abfragereihenfolge (alles tfasta) (- i)

genetic_code (Excl)
Genetischen Code für Übersetzung (tfasta/tfast [x-y] /fast [x-y]) (- t) verwenden

Band (ganze Zahl)
Bandweite verwendet für Optimierung (- o)

swalig (Schalter)
unbegrenzte Smith-Watermanausrichtung für DNA (- A)

noopt (Schalter)
keine begrenzte Optimierung (- O)

Notfall (Excl)
Statistische Berechnung spezifizieren. (- z)

gelegentlich (Schalter)
Notfall-Parameter von geschlurften Exemplaren jeder Bibliotheksreihenfolge schätzen (- z)

Histogramm (Schalter)
Kein Histogramm (- H)

Kerben (ganze Zahl)
Zahl der gezeigt zu werden Ähnlichkeitkerben (- b)

alns (ganze Zahl)
Zahl der gezeigt zu werden Ausrichtungen (- d)

html_output (Schalter)
HTML ausgegeben worden (- m)

markx (Excl)
Wechselnde Anzeige der Übereinstimmungen und der Nichtübereinstimmungen in den Ausrichtungen

init1 (Schalter)
Reihenfolgen ordneten durch die Zkerbe, die auf der Kerbe init1 basierte (- 1)

z_score_out (Excl)
Darstellen normalisiert Kerbe wie (- B)

showall (Schalter)
beide Reihenfolgen werden gezeigt in ihrer Ganzheit in den Ausrichtungen (nur fasta) (- a)

linlen (ganze Zahl)
Ausgabeleitung Länge für Reihenfolgenausrichtungen (Maximum 200) (- w)

Versatz (Zeichenkette)
Anfangen, die ausgerichteten Reihenfolgen in Stellung x1 x2 (2 Zahlen) (- X) zu numerieren

Info (Schalter)
Mehr Informationen über die Bibliotheksreihenfolge in der Ausrichtung anzeigen (- L)

statfile (OutFile)
Die Reihenfolgenkennung, die Superfamilyzahl und die Ähnlichkeitkerben zu dieser Datei ausschreiben (- R)

filtern (Schalter)
Kleinschreibungentstörung (- S)

outfile (OutFile)
Rohr: mview_input

html_outfile (OutFile)

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: JavaRunner ist eine Perl-Baugruppe, die Java-Programme laufen lassen kann.

SYNOPSE

mein $runner = Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: JavaRunner->new (- Glas => $jar);
$runner->run ();

Diese Baugruppe ist vermutlich unvollständig. Es soll eine Verpackung für das Laufen lassen der Java-Programme sein.

Schauplatz:: Maketext:: Auszug:: Laufen ist eine Perl-Baugruppenschnittstelle zu xgettext.pl.

SYNOPSE

Gebrauch Schauplatz:: Maketext:: Auszug:: Xgettext laufen lassen;
xgettext (@ARGV);

Lack-Läufer im Xterm ist ein servcie Menü, das „Lack-Läufer im Xterm“ u. „Lack-Läufer im Xterm als Wurzel“ Maßnahmemenü auf Binärdateien addiert, Indexe usw.

Er hat 2 Sprachen: Englisch und Poliermittel.

Einbau:

/außer dieser Datei innen kopieren
~/.kde/share/apps/konqueror/servicemenus

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseWorkflow ist eine Kategorie, zum eines Pise Arbeitsflusses using Pise Anwendungsnachrichten als Methoden zu erstellen. Ein Arbeitsfluß wird durch eine Einstellung Methoden definiert, die alles instanciate die Kategorie PiseApplication.

SYNOPSE

# zuerst, ein Bio erstellen:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: AnalysisFactory:: Pise Nachricht:
mein $factory = neues Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: AnalysisFactory:: Pise ();
# die Anwendung dann erstellen einwendet (Pise:: Lack-Läufer:: Werkzeuge:: PiseApplication):
mein $clustalw = $factory->program (clustalw);
$clustalw->infile ($my_alignment_file);
mein $protpars = $factory->program (protpars);

# können Sie verschiedene Servers für verschiedene Anwendungen spezifizieren:
mein $protdist = $factory->program (protpars
- Fern=> http://kun.homelinux.com/cgi-bin/Pise/5.a//protpars.pl,
- eMail => your_email);

# eine neue Arbeitsflußnachricht erstellen:
mein $workflow = Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseWorkflow->new ();

# die Arbeitsflußmethoden using die Anwendungsnachrichten definieren:
# empfängt die Anwendungsmethode $protpars den Ausgang von
# Typ readseq_ok_alig von der Anwendungsmethode $clustalw.
$workflow->addpipe (- Methode => $clustalw,
- tomethod => $protpars,
- pipetype => readseq_ok_alig);

# wird die Anwendungsmethode $clustalw zu einer Sekunde geleitet
# Anwendungsmethode ($protdist) using den Ausgang des Typen readseq_ok_alig.
$workflow->addpipe (- Methode => $clustalw,
- tomethod => $protdist,
- pipetype => readseq_ok_alig);

# wird die Anwendungsmethode $protpars zur Anwendung geleitet
# Methode $consense using den Ausgang des Typen phylip_tree.
mein $consense = $factory->program (consense);
$workflow->addpipe (- Methode => $protpars,
- tomethod => $consense,
- pipetype => phylip_tree);

# den Arbeitsfluß laufen lassen.
$workflow->run ();

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: TribeMCL ist eine Methode für das Bündeln der Proteine in in Verbindung stehende Gruppen, die als Proteinfamilien bezeichnet werden.

SYNOPSE

Gebrauch Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: TribeMCL;
Gebrauch Bio:: SearchIO;

# 3 Methoden, zum der Böeresultate einzugeben

# rohe Geradeausböe ausgegeben (NCBI oder WU-BLAST)
meine @params = (inputtype=>blastfile);

# ODER

# markov Programformat
# protein_id1 protein_id2 evalue_magnitude evalue_factor
# zum Beispiel:
# Proteine ENSP00000257547 und ENSP00000261659
# mit einem Böekerbe evalue von 1e-50
# und Proteine O42187 und ENSP00000257547
# mit einem Böekerbe evalue von 1e-119
# würde Eingabe sein

mein @array = [[qw (ENSP00000257547 ENSP00000261659 1 50)],
[qw (O42187 ENSP00000257547 1 119)]];
meine @params = (pairs=>@array, I=>2.0);

# ODER

# Durchlauf in einer searchio Nachricht
# am langsamsten von den 3 Methoden, wie sie die rigorosere Satzgliederung tut
# als für uns hier erfordert

mein $sio = Bio:: SearchIO->new (- format=>blast,
- file=>blast.out);
mein @params= (inputtype=>searchio, I=>2.0);


# können Sie die Bahn zum vollziehbaren manuell spezifizieren folgendermaßen
mein @params= (inputtype=>blastfile, I=>2.0,
mcl=>/home/shawn/software/mcl-02-150/src/shmcl/mcl,
matrix=>/home/shawn/software/mcl-02-150/src/contrib/tribe/tribe-matrix);
mein $fact = Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: TribeMCL->new (@params);

# ODER

$fact->matrix_executable (/home/shawn/software/mcl-02-150/src/contrib/tribe/tribe-matrix);
$fact->mcl_executable (/home/shawn/software/mcl-02-150/src/shmcl/mcl);

# laufen

mein $fact = Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: TribeMCL->new (@params);

# das Programm laufen lassen
# bringt einen Reihenhinweis auf Blöcken zurück, in denen Bauteile die Ids sind
# zum Beispiel: 2 Blöcke mit 3 Bauteilen pro Block:
# $fam = [[mem1 mem2 mem3], [mem1 mem2 mem3]]

# Durchlauf in irgendeinem das blastfile Bahn/searchio obj/der Reihenhinweis auf Kerben
mein $fam = $fact->run ($sio);

# ausdrucken Ihre Blöcke

für (mein $i = 0; $i Druck „Block $i t“ .scalar (@ {$fam-> [$i]}). „membersn“;
foreach mein $member (@ {$fam-> [$i]}) {
Druck „t$membern“;
}
}

Dieses, das bündelt, wird erzielt, indem man Ähnlichkeitmuster zwischen Proteinen in einem gegebenen Datensatz analysiert, und diese Muster, um Proteine in in Verbindung stehende Gruppen zuzuweisen verwendet. In vielen Fällen haben Proteine in der gleichen Proteinfamilie ähnliche Funktionseigenschaften.

Was in diesem Auslösen neu ist:

· Perl

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: align2model ist eine Bioperl Kategorie für align2model - eine mehrfache Ausrichtung von Reihenfolgen zu einem vorhandenen Baumuster erstellen.

Parameter:

align2model (Zeichenkette)

laufen (Zeichenkette)
Namen laufen lassen

DB (Reihenfolge)
Reihenfolgen zum übereinzustimmen (- DB)

model_file (InFile)
Baumuster (- i)
Rohr: sam_model

Identifikation (Zeichenkette)
Identifikation der Reihenfolgenkennung-Auswahl (getrennt durch Kommas) (-)

nscoreseq (ganze Zahl)
Höchstzahl der gelesen zu werden Reihenfolgen (- nscoreseq)

adpstyle (Excl)
Art der dynamischen Programmierung (- adpstyle

Schalter (Excl)
Reihenfolgeneinkerben (- Schalter)

auto_fim (Schalter)
F.I.M.S. automatisch hinzufügen (- auto_fim)

jump_in_prob (Gleitbetrieb)
Wahrscheinlichkeitskosten des Springens in die Mitte vom vorbildlichen (- jump_in_prob)

jump_out_prob (Gleitbetrieb)
Wahrscheinlichkeitskosten des Herausspringens der Mitte vom vorbildlichen (- jump_out_prob)

a2mdots (Schalter)
Druckpunkte, zum der Platznotwendigkeit an anderen Reihenfolgeneinfügungen zu füllen (- a2mdots)

dump_parameters (Excl)
(- dump_parameters)

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: Abgabe ist eine Perl-Baugruppe.

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: Abgabe
Bioperl Kategorie für:

ABGABE Protein-Abgabeplan (PRÄGEN)


Parameter:

(auch sehen:
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/charge.html
für erhältliche Werte):


Abgabe (Zeichenkette)

init (Zeichenkette)

seqall (Reihenfolge)
seqall -- Protein [Reihenfolgen] (- seqall)
Rohr: seqsfile

Fenster (ganze Zahl)
Fenster (- Fenster)

aadata (Zeichenkette)
Aminosäureeigentum-Datendateiname (- aadata)

Plan (Schalter)
Erzeugnisgraphik (- Plan)

Diagramm (Excl)
Diagramm (- Diagramm)

outfile (OutFile)
outfile (- outfile)

Automobil (Zeichenkette)

psouput (Zeichenkette)

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: Freak ist eine Perl-Baugruppe.

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: Freak
Bioperl Kategorie für:

UNGEWÖHNLICHER Rückstand/Grundfrequenztisch oder -plan (PRÄGEN)


Parameter:

(auch sehen:
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/freak.html
für erhältliche Werte):


Freak (Zeichenkette)

init (Zeichenkette)

seqall (Reihenfolge)
seqall -- irgendwelche [Reihenfolgen] (- seqall)
Rohr: seqsfile

Zeichen (Zeichenkette)
Rückstandzeichen (- Zeichen)

Stufe (ganze Zahl)
Tretenwert (- Stufe)

Fenster (ganze Zahl)
Mittelwertbildung des Fensters (- Fenster)

Plan (Schalter)
Erzeugnisgraphik (- Plan)

Diagramm (Excl)
Diagramm (- Diagramm)

outfile (OutFile)
outfile (- outfile)

Automobil (Zeichenkette)

psouput (Zeichenkette)

Ein web server innerhalb LAN laufen lassen ist ein einfacher Index, zum eines WWW-Servers innerhalb eines Inhausnetzes laufen zu lassen. Ein web server innerhalb des LAN-Indexes laufen lassen annehmen, daß alle iptables Merkmale statisch im Kern kompiliert werden oder alle Baugruppee geladen werden.

Andernfalls können Sie einige Überraschungen antreffen zu versuchen, die featureful und kreativeren commandlines zu verwenden, denen Ive mit aufkommen.

Probe:

#external und interne Schnittstellen
EXT=eth0
INT=eth1

# frei stellen alles und meine kaskadierenketten her
iptables - F
iptables - N e0
iptables - N tcpin
iptables - N udpin

# ist e0 der Name unserer Kette für eth0
iptables - I EINGEBEN - i $EXT - J e0

# OUTPUT Kette
iptables - EIN OUTPUT - O $EXT - J-ABSINKEN - P-ICMP --ICMPtyp! Echo-fordern

# pissing Ferngnutella Abfragen mich wirklich weg von einem Tag
# iptables - EIN OUTPUT - O $EXT - J-ABSINKEN - P-TCP! --Syn --dport 6346
# iptables - EIN OUTPUT - O $EXT - J-ABSINKEN - P-TCP! --Syn --Sport 6346

# $EXT Kette
# eine einzelne Richtlinie, zum der SYN Pakete für mehrfache Öffnungen (bis 15) anzunehmen
iptables - ein tcpin - J NEHMEN - P-TCP an --Syn - m multiport --Zieleinheitöffnungen 873.993.995.143.80.113.21.22.23.25.53

# ist der stateful Anschlußgleichlauf wundervolles Material
# LEGTE TCP-Anschlüsse sind durch lassen fest
#, wenn wir einen SYN versenden, wird der ACK gesehen, wie IN VERBINDUNG GESTANDEN
# Kommunikation dann fördern wird angenommen durch die FESTGELEGTE Richtlinie
iptables - ein e0 - J NEHMEN - m-Zustand an --Zustand FESTGELEGT
iptables - ein e0 - J NEHMEN - m-Zustand an --Zustand IN VERBINDUNG GESTANDEN

# bestimmtes Öffnungen I einfach ABSINKEN
iptables - ein tcpin - J-ABSINKEN - P-TCP --Syn - m multiport --Zieleinheitöffnungen 6346.139

# ordnet UDP… an
iptables - ein udpin - J-ABSINKEN - P-UDP - m multiport --Zieleinheitöffnungen 137.27960

# lasse ich einen DNS-Server laufen, also müssen wir UDP-Pakete auf Öffnung 53 annehmen
iptables - ein udpin - J NEHMEN - P-UDP - m-Zustand an --Zustand NEU --Zieleinheitöffnung 53

# läßt NEUE UDP-Pakete des Bordbuches auf Öffnung-1024:65535, dann sie durch lassen
iptables - ein udpin - J-BORDBUCH - P-UDP - m-Zustand --Zustand NEU --Zieleinheitöffnung 1024:65535 --Bordbuchstand prüfen aus --Bordbuchvorzeichen UDPNEW --Bordbuch-IPoptionen
iptables - ein udpin - J NEHMEN - P-UDP - m-Zustand an --Zustand NEU --Zieleinheitöffnung 1024:65535

# läßt NEUE TCP-Pakete des Bordbuches auf Öffnung-1024:65535, dann sie durch lassen
iptables - ein tcpin - J-BORDBUCH - P-TCP --Syn --Zieleinheitöffnung 1024:65535 --Bordbuchstand prüfen aus --Bordbuchvorzeichen TCPNEW --Bordbuch-TCPoptionen --Bordbuch-IPoptionen
iptables - ein tcpin - J NEHMEN - P-TCP an --Syn --Zieleinheitöffnung 1024:65535

# läßt die UNZULÄSSIGEN oder NEUEN TCP-Pakete des Bordbuches auf privilegierten Öffnungen, dann ABSINKEN
# (sich erinnern, daß ich bestimmtes habe Richtlinien herauf die Kette höher ANNEHMEN)
iptables - ein tcpin - J-BORDBUCH - P-TCP - m-Zustand --Zustand UNZULÄSSIG, NEU --Zieleinheitöffnung 1:1023 --Bordbuchstand warnen --Bordbuchvorzeichen TCPPRIV --Bordbuch-TCPoptionen --Bordbuch-IPoptionen
iptables - ein tcpin - J-ABSINKEN - P-TCP - m-Zustand --Zustand UNZULÄSSIG, NEU --Zieleinheitöffnung 1:1023

iptables - ein e0 - P-TCP - J tcpin
iptables - ein e0 - P-UDP - J udpin
iptables - ein e0 - J-BORDBUCH --Bordbuchstand prüfen aus --Bordbuchvorzeichen NETFILTER --Bordbuch-IPoptionen - m-Zustand --Zustand UNZULÄSSIG, NEU
iptables - ein e0 - J-ABSINKEN

# NAT-Richtlinien
# lasse ich ein web serverinnere… laufen
iptables - t national - ein PREROUTING - P-TCP - i eth0 --dport 80 - J DNAT --Zuzieleinheit 192.168.1.4: 80

Bio:: Werkzeuge:: Lack-Läufer:: PiseApplication:: Übereinstimmung ist eine Perl-Baugruppe.

Bioperl Kategorie für:

ÜBEREINSTIMMUNG Kennzeichen der Übereinstimmungsmuster in den nichtausgerichteten DNA-und Proteinreihenfolgen (Hertz, Stormo)

Hinweise:

G.Z. Hertz und G.D. Stormo. Kennzeichen der Übereinstimmungsmuster in den nichtausgerichteten DNA-und Proteinreihenfolgen: eine Großabweichung statistische Basis für Bestrafungabstände. In: Verfahren der dritten Internationalen Konferenz auf Bioinformatik und Genom-Forschung (H.A. Lim und C.R. Kantor, Herausgeber). World Scientific Publishing Co., Ltd. Singapur, 1995. Seiten 201--216.

Parameter:

(auch sehen:
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/consensus.html
für erhältliche Werte):


Übereinstimmung (Excl)
Programm zum zu laufen

Reihenfolge (Reihenfolge)
Reihenfolgendatei (- f)
Rohr: seqsfile

Breite (ganze Zahl)
Breite des Musters (nur Übereinstimmung) (- L)

heraus (Zeichenkette)

consensus_matrix (Zeichenkette)

Ergänzung (Excl)
Ergänzung der Nukleinsäurereihenfolgen (- c)

ascii_alphabet (InFile)
Alphabet und Normalisierunginformationen (wenn nicht DNA) (- a)

prior (Schalter)
Die gekennzeichneten vorherigen Wahrscheinlichkeiten der Zeichen verwenden, um die beobachteten Frequenzen überzusteuern (- d)

DNA (Schalter)
Alphabet und Normalisierunginformationen für DNA

Protein (Schalter)
Alphabet und Normalisierunginformationen für Protein

Warteschlange (ganze Zahl)
Höchstzahl zwischen Schleifen des Programms zu sparen der Grundmassen, -- IE: Warteschlangegröße (- q)

standard_deviation (Gleitbetrieb)
Zahl der Standardabweichungen, zum des Informationsgehaltes in jeder Stellung zu senken, bevor sie Informationen kennzeichnet, emporragt (vorgeschrieben für wconsensus) (- s)

Nachkommen (Excl)
Die Spitzennachkommengrundmassen sparen (- pr1)

linear (Schalter)
Startwert für Zufallsgenerator mit der ersten Reihenfolge und fortfahren linear durch die Liste lge (- L)

max_cycle_nb (ganze Zahl)
Maximale Wiederholung der Grundmassegebäudeschleife (- N oder - N)

max_cycle (Excl)
Wieviele Wörter pro Grundmasse, damit jede Reihenfolge beiträgt (- N oder - N)

Abstand (ganze Zahl)
Minimaler Abstand zwischen den Ausgangspunkten von Wörtern innerhalb des gleichen Grundmassemusters (- m)

abbrechen (ganze Zahl)
Das Programm abbrechen diese Zahl der Schleifen, nachdem das Bargeld die meiste beträchtliche Ausrichtung gekennzeichnet (- t)

terminal_gap (Excl)
Terminalabstände ermöglichen (- Seite) (nur wconsensus)

top_matrices (ganze Zahl)
Zahl der Spitzengrundmassen zum zu drucken (- Pint)

final_matrices (ganze Zahl)
Zahl der abschließenden Grundmassen zum zu drucken (- PF)

IPC:: Laufen ist eine Perl-Baugruppe für System () und Hintergrund procs mit Rohrleitung, redirs, ptys (Unix, Win32).

Bedingungen:

· Perl

SYNOPSE

## zuerst, ein Befehl zu laufen:
mein @cat = qw (Katze);

## Using Lack-Läufer () anstelle vom System ():
Gebrauch IPC:: Qw (Läuferunterbrechung) laufen lassen;

@cmd, $in, $out, $err, Unterbrechung laufen lassen (10) oder sterben „Katze: $?“

# kann Ein-/Ausgabe zu den Vorrefs und zu den Dateinamen tun, auch:
@cmd, <, „in.txt“, &out, &err laufen lassen oder „Katze sterben: $?“
@cat laufen lassen, <, „in.txt“, >>, „out.txt“, 2>>, „err.txt“;


#, umadressierend using Psuedoflughafengebäude instad der Rohre.
@cat laufen lassen, < pty<, $in, >pty >, $out_and_err;

## Scripting Subprozesse (wie erwarten):

Gebrauch IPC:: Qw (Anfangspumpenendeunterbrechung) laufen lassen;

# Inkremental- gelesen von/zu den Scalars schreiben.
# geleert $in, während es zum Katzen stdin geführt,
# akkumuliert $out Katzen stdout
# akkumuliert $err Katzen stderr
# ist $h für „Verdrahtung“.
mein $h = Anfangs@cat, $in, $out, $err, Unterbrechung (10);

$in. = „etwas inputn“;
Pumpe $h bis $out =~ /inputn/g;

$in. = „mehr inputn“;
Pumpe $h bis $out =~ /G. *more inputn/;

$in. = „etwas abschließendes inputn“;
$h beenden oder „Katze zurückgebrachtes $ sterben?“ ;

$err warnen wenn $err;
$out drucken; ## alles des Katzeausgangs

#, leitend zwischen Kinder
@cat laufen lassen, |, @gzip;

# mehrere Kinder gleichzeitig, Blöcke (des Lack-Läufers () bis alle
# beenden Kinder, verwenden Anfang () für Hintergrundausführung):
@foo1 laufen lassen u., @foo2;

#, &set_up_child im Kind vor ihm rufend, durchführt hrt
# Befehl (nur Arbeiten über Systeme mit zutreffender Gabel () u. exec ())
# verbreitet die Ausnahmen, die in set_up_child geworfen () zurück
# zur Muttergesellschaft und geworfen vom Lack-Läufer ().
@cat, $in, $out laufen lassen,
init => &set_up_child;

# gelesen von/zu den Dateigriffen Sie schreiben geöffnet und eng
INNEN öffnen, < in.txt oder $ sterben! ;
HERAUS öffnen, >out.txt oder $ sterben! ;
ausdrucken „preamblen“;
@cat, *IN, *OUT laufen lassen oder „Katze zurückgebrachtes $ sterben?“ ;
ausdrucken „postamblen“;
INNEN schließen;
HERAUS schließen;

# Rohre für Sie zum Lesen/Schreiben herstellen (wie IPC:: Open2 u. 3).
$h = Anfang
@cat,
< Rohr, *IN,
>pipe, *OUT,
2>pipe, *ERR
oder „Katze zurückgebrachtes $ sterben?“ ;
IN „etwas inputn“ drucken;
INNEN schließen;
< > ausdrucken, < IRREN >;
$h beenden;

# mischender Input und Ausgabemodi
@cat, in.txt, &catch_some_out, *ERR_LOG laufen lassen);

# anderes Umlenkungskonstruieren
@cat, >&, $out_and_err laufen lassen;
@cat, 2>&1 laufen lassen;
@cat, 0<&3 laufen lassen;
@cat laufen lassen, < u. -;
@cat, 3<, $in3 laufen lassen;
@cat, 4>, $out4 laufen lassen;
# usw.

#, Optionen führend:
@cat, in.txt laufen lassen, => 1 ausprüfen;

# Aufruf dieses Systemsshell, Umsätze ZUTREFFEND auf 0 Endecode
# IST DIESES DIE GEGENÜBERLIEGENDE RICHTUNG System () s des RÜCKHOLwertes
„Katze laufen lassen ein b c“ oder „Katze zurückgebrachtes $ sterben?“ ;

# Produkteinführung ein Vorprozeß direkt, kein Shell. Gewinsel tut Umlenkung
# mit diesem Formular, seinem hier wie System () mit benehmen
# umgekehrtes Resultat.
$r = laufen lassen „Katze ein b c“;

# von einer Datei zu einem Scalar innen lesen
io („Dateinamen“, r, $recv) laufen lassen;
io (*HANDLE, r, $recv) laufen lassen;

libbsb ist eine bewegliche c-Bibliothek für Anzeigen- und SchreibensBSB Formatbilddateien. Gewöhnlich verwendet für Seediagramme, verwenden BSB Diagramme die .KAP oder .CAP Extension und lagern kartographische Informationen zusätzlich zu einem Laufen lassenlänge gekodierten Rasterbild. libbsb ist zu abgespalteten oder anders verdorbenen .KAP Dateien Wieder.herstellens fähig. Die Bibliothek freigegeben im Sinne des LGPL en.

Einige Hilfsprogramme zum zu konvertieren und Arbeit mit BSB Diagrammen eingeschlossen im libbsb ackage n. Beispieldateien und -anweisungen in, wie man diese Werkzeuge sind erhältlich auf der Beispielseite verwendet.

bsb2tif - BSB Bild in tiff-Format konvertieren
bsb2ppm - BSB Bild in PPM-Format konvertieren
bsb2png - BSB Bild in png-Format konvertieren
tif2bsb - tiff-Bild in BSB Bild konvertieren
ppm2bsb - PPM-Bild in BSB Bild konvertieren
bsbfix - den Anzeigemarketisch in einer BSB Datei reparieren

Der Quellencode für die libbsb Bibliothek und die Dienstprogramme können zentralgeladen werden oder durchstöberten online direkt vom CVS Behälter ekt.

Das BSB Dateiformat lagert Rasterbilddaten in einer Laufen lassenlänge gekodierten binären Form zusammen mit dem ASCII-Text, der die Projektion, Daten und andere Informationen notwendig sind für GIS-Anwendungen beschreibt. Zuerst verwendet für Seediagramme und Seekarten durch NOAA und den kanadischen hydrographischen Service, verwendet es in zunehmendem Maße für GIS-Rasterkarten im allgemeinen.

Die libbsb Bibliothek und die BSB Dateiformatbeschreibung geschrieben wegen des Mangels an den Informationen und Hilfsprogrammen, die dieses Format unterstützen. Zu der Zeit als libbsb erstes geschrieben war, November 2000, könnte die einzige GNU/Linux Software-Bibliothek der Autor finden, daß welches BSB Dateien lesen könnte, war Hugo. Jedoch verteilt der Code für Dateien der Anzeige BSB als binäre-nur Baugruppe und begrenzt auf die Plattform i386.

Wenn Sie haben, erhalten eine Abfrage oder ein Wunsch, zum zum libbsb beizutragen bitte in der Note.

Was in diesem Auslösen neu ist:

· Verlegenheitsbufferüberlauf next_line () in der Funktion, die durch sorgfältig in Handarbeit gemachte BSB Datei ausgenutzt werden kann
· Verlegenheit falsche num_colors Berechnung für einige TIF-Bilder. Einen rigorosen Scan des gesamten TIF-Bildes zuerst verwenden, um die Zahl Farben zu zählen.
· Falle im bsb_read_row addieren () um langsame Anzeige auf verdorbenen Reihen zu vermeiden.
· Addieren valgrind-überprüfen bilden Ziel, das valgrind über allen Prüfungen laufen läßt.
· Verschobene Prüfungsbilder unter Prüfungen subdir.

Kunzip ist eine freie (aber nicht opensource) Bibliothek für die Dekomprimierung der REISSVERSCHLUSS-Archive. Kunzip fing an, wie ein Prüfungsprogramm, das ich für die Dekomprimierung der .zip Dateien durch eine Befehlszeile Programm schrieb.

Ich fügte schließlich Haken hinzu, um es ein DLL zu bilden, das von den Windows Programmen verwendet werden kann. Es ist auch möglich, es für Unix (und Unix-wie OSs wie Linux) als .so Bibliothek zu kompilieren.

Mein Plan für das kunzip.dll war, es so einfach zu bilden zu verwenden, da möglich so er von Visual Basic oder von so sogar verwendet werden kann. Er sollte - mit den zipfiles kompatibel völlig sein, die durch InfoZip, PkZip und WinZip erstellt werden. Sie können ihn vom Link unten zentralladen und die Prototypen für verschiedene Sprachen ansehen, die kunzip.dll rufen können.

Ich stellte ursprünglich diesen Code an, um zu sein, (und möglicherweise sogar Kompresse) png-graphische Dateien zu dekomprimieren. Da dieses der gleiche Algorithmus ist, der im gzip und im Reißverschluß verwendet wird (WinZip, InfoZip, usw.), entschied mich ich, es Arbeit mit .zip Dateien anstatt zu bilden. Leider waren alle Spezifikt., die ich für diese Komprimierung hatte, für png und Reißverschluß ist etwas unterschiedlich, also hatte ich einige Probleme, ihn zu erhalten arbeitend:).

Mein erstes Version kunzip (das die huffman Tische using Reihen anstelle von den Bäumen aufbaute und viel Fseeking tat), ließ schmerzlich die langsamen, aber meine spätesten Versionslack-läufer ziemlich gut laufen. Eine interessante Sache ich fand, als ich statische huffman Dekompression für tiff tat, das ich es using uptische anstelle von den Bäumen tat. Dieses ließ wirklich sehr schnelles, obgleich Im nicht sure des Drehzahlunterschiedes laufen, wenn ich Bäume anstatt verwendete. Auf diesem Projekt fing ich, alle an 3 huffman Einstellungen using uptische heraus zu tun.

Nachdem ich sah, wie langsam es lief, schielt ich die huffman Codes der Länge zu einem Baum und die Dekompression ließ die fast doppelte Drehzahl laufen. Als ich die huffman Codes des Abstandes zu den Bäumen änderte, verlangsamte die Dekompression bis zum einigen Sekunden. So ließ ich Länge/Abstand huffman Codes als Bäume und hielt die ersten huffman Codes als uptische. Ich kann auf der Drehzahl später versuchen und verbessern.

Können Sie den Quellencode nicht nur zentralladen, der auf Unix/Linux und Windows kompiliert werden kann, aber Ive enthielt auch ein Windows DLL, das ich für das Handeln des Öffnens aufbaute. Ich denke, daß es ziemlich bedienungsfreundlich ist, also wenn Sie eine öffnenbibliothek für Windows benötigen, frei sich fühlen, dieses zu verwenden (frei sich fühlen, eine Abgabe zu meiner PayPal Rechnung auch zu bilden, wenn Sie mögen.

BTW, dieser Code wurde geschrieben, auf Systemen Unix-(Linux, FreeBSD, usw.) kompiliert zu werden. Wenn Sie das DLL aufbauen möchten, können Sie den Quellencode und den Typen zentralladen: DLL bilden. Der mingw c-Compiler muß verwendet werden. Im sicheres 99% tat ich einige Sachen, die nicht in Visual C++ arbeiten. Ich kann es zu einer Unix geteilten Bibliothek für Spaß auch kompilieren lassen.

Die ursprüngliche 6. Mai 2005version von kunzip dekomprimiert eine Datei 120meg in ungefähr 3min40sec auf meinem AMD Athlon XP Kasten. Seit damals setze ich einige Hauptoptomizations innen und sie dekomprimiert jetzt die gleiche Datei in 20 Sekunden.


Was in diesem Auslösen neu ist:

· Die Lizenz ist zum LGPL geändert worden.

pyFretCalc ist ein handlicher kleiner Gitterwerkabstandrechner für luthiers (Gitarrenhersteller). Die Schuppenlänge einfach eintragen, die Sie wünschen und wieviele Gitterwerke, dann berechnen ein klicken.

Um sie einzubauen, zuerst müssen Sie die folgende eingebaute Software haben.

Pythonschlange http://www.python.org
Quart 3 http://www.trolltech.com
PyQt http://www.riverbankcomputing.co.uk

Für Linux und andere *nixs gerade untar pyFretCalc-0.0.2.tar.gz zu irgendeinem Verzeichnis (wie $HOME/bin) und zu laufen gelassenem main.py. Zukünftiges Auslösen verwendet irgendeine Sortierung des Verpackens.

Windows-/OSx Benutzer: Die gleichen Anweisungen befolgen und mich informieren, wie es funktioniert.

Was in diesem Auslösen neu ist:

· Geändert zu QT3 für das GUI

Perl6:: Kategorienprojekt enthält Klasseenkategorien in Perl 5.

SYNOPSE

Gebrauch Perl6:: Kategorien;

Kategorie Komponist {
submethod BAU {Druck „, der zu einem neuen composern“ entbindet}
Methode bestehen {der Druck „, der etwas Musik… N schreibt,“}
}

Kategorie ClassicalComposer ist Komponist {
Methode bestehen {der Druck „, der etwas muzak… N schreibt,“}
}

Kategorie ModernComposer ist Komponist {
submethod BAU ($) {$.length = Schiebung}
Methode bestehen () {Druck ((Karte {int-Rand 10} 1.$.length), „N“)}
hat $.length;
}

mein $beethoven = neues ClassicalComposer;
mein $barber = neues ModernComposer 4;
mein $mahler = ModernComposer->new (400);

$beethoven->compose; #, etwas muzak schreibend…
$barber->compose # 7214
$mahler bestehen; # 89275869347968374698756….

Perl6:: Kategorien erlaubt die Kreation (ein wenig) Artkategorien der Perl-6 in Perl 5. Die folgenden Merkmale werden aktuell unterstützt:

Unterseeboote, Methoden und submethods
Und ihre jeweiligen Scopingrichtlinien.

Attribute
Welche durch erhältlich sind, hat Schlüsselwort und aussehen wie $.this.

Erbschaft
ist einzelne und mehrfache Erbschaft durch ist Schlüsselwort erhältlich.

Unterschriften
Unterschriften auf Methoden, Unterseebooten und submethods werden, aber gerade die Art Perl-5 unterstützt.

Datenverstecken
Using die Öffentlichkeit, geschützt und die privaten Merkmale können Sie (das Ablauf) Datenverstecken erzwingen. Dieses wird nicht auf Attributen unterstützt, die immer privat sind.

Anonyme Kategorien
Schliessen dieses Respektes. Sie können es jetzt verschachteln Inneremethoden anderer Kategorien, sogar andere anonyme!

Das Perl6:: Kategorienbaugruppe vergrößert Perls Syntax mit einem neuen Vereinbarungssymbol: Kategorie. Sie bietet den Vorteil über Perls Standard-OO Vorrichtung an, dass zu sehen begrifflich ist einfacher (besonders für die Hintergrund vom Wechselstrom-++/Java). Sie bietet den Nachteil selbstverständlich an des Seins weniger vielseitig begabt.

Perl6:: Zusammenhänge - Reihe und Durcheinandervariablenkurve in Hinweise auf selbst, wenn Sie im nicht numerischen Skalarzusammenhang oder als Funktionsargumente verwendet.

SYNOPSE

mein @foo = (1. 20);
mein $foo = @foo; # selben wie: mein $foo = @foo;
mein $foo = 0 + @foo; # unverändert - Länge von @foo
$obj->some_method (10, 20, @foo); # selben wie: $obj->some_method (10, 20, @foo);
some_function (10, 20, @foo); # selben wie: some_function (10, 20, @foo);

Perl6:: Zusammenhänge läßt Perl 5 eher wie Perl 6 hinsichtlich der Reihe und der Durcheinandervariablen als verwendet als Argumente zu den Bedienern, zu den Methodenaufrufen und zu den Funktionen benehmen.

Diese Baugruppe hinzufügt nicht neue Syntax neue -- sie ändert bloß die Bedeutung der vorhandenen Syntax. Using diese Baugruppe, Perl 5 eher wie Perl 6 geht zu bilden sehr weit nicht in Richtung zu Schreiben Perl 5, das unter Perl 6 läuft, aber es hilft Ihnen, einige der Änderungen zu gewöhnen an.

Um Legacy Perl 5 entlang Seite Perl 6 laufen zu lassen, PONIE heraus überprüfen oder inline:: Pugs.