Peptid:: Pubmed ist eine Perl-Baugruppe, die Peptidreihenfolgen von den MEDLINE Artikelauszügen extrahieren kann.

SYNOPSE

Gebrauch Peptid:: Pubmed;
$parser = Peptid:: Pubmed->new;
$in = {
PMID => q [15527327],
Autor => q [Damhirschkuh JJ, Smith Q],
Zapfen => q [J biologisches Foo. 2004; 8 (2): 123-30.],
Name => q [Foo, Rechtsanwaltschaft und seine Stichhaltigkeit in der Bakteriophagenanzeige.],
Abstraktes =>
q [Peptid ordnet EYHHYNK und Arg-Gly-Asp, aber nicht ACCCGTNA oder VEGFRI.] sequentiell,
Ineinandergreifen => q [Gene, p53/genetics; Menschen; Rechtsanwaltschaft],
Chemisches => q [Multienzyme Komplexe; Peptid-Bibliothek; Foo],
};
$parser->parse_abstract ($in);

# die Peptidreihenfolgen in den Symbolen mit 1 Zeichen erhalten (alle Wörter auswählen in denen
# ist kombiniertes Wort/abstrakte Kerbe über Schwellwert:
# WordAbstScore >= WordAbstScoreMin):
@seqs = $parser->get_seqs;
Druck „@seqsn“; # Drucke: EYHHYNK RGD

BEISPIELE

# stellten selben wie oben, Schwellwert ausdrücklich ein:
$parser->WordAbstScoreMin (0.4);
@seqs = $parser->get_seqs;

# niedrigen Schwellwert einstellen, um mehr Peptidreihenfolgen zu erhalten (aber an Kosten des Erhaltens
# falschere Positive)
$parser->WordAbstScoreMin (- 1);
@seqs = $parser->get_seqs;
Druck „@seqsn“; # Drucke: EYHHYNK RGD ACCCGTNA VEGFRI

# zurückgesetzte Schwellwertrückseite:
$parser->WordAbstScoreMin (0.4);

# mehr Daten für den Auszug erhalten:
$abst = $parser->get_abst;
Druck „$abst-> {AbstScore} N“; # abstrakte Kerbe, im [0.1] Abstand
Druck „$abst-> {AbstMtext} N“; # markierte Auszug mit Reihenfolgen oben:
# ordnet Peptid EYHHYNK und Arg-Gly-Asp sequentiell,
# aber nicht ACCCGTNA oder VEGFRI.

# mehr Daten für die Wörter, zusätzlich zu den Peptidreihenfolgen erhalten:
@words = $parser->get_words;
für mein $word (@words) {
# kombiniertes Wort/abstrakte Kerbe, im [0.1] Abstand
Druck „$word-> {WordAbstScore} N“;
# Wort, wie im Auszug, z.B. im Arg-Gly-Asp gefunden,
Druck „$word-> {WordOrig} N“;
# Peptidreihenfolge in den Symbolen mit 1 Zeichen, z.B. in RGD
Druck „$word-> {WordSequence} N“;
}

# gibt es keine Vorschreibeninputbereiche. Dieses arbeitet auch, aber kann unterere Kerbe geben.
$in = {
Abstraktes =>
q [Peptid ordnet EYHHYNK und Arg-Gly-Asp, aber nicht ACCCGTNA oder VEGFRI.] sequentiell,
};
$parser->parse_abstract ($in);
@words = $parser->get_words;

# werden keine Peptidreihenfolgen im leeren Input gefunden:
$in = undef;
$parser->parse_abstract ($in);
@words = $parser->get_words;