Bioperl Projekt ist eine Ansammlung Perl-Baugruppee, die die Entwicklung der Perl-Indexe für Bioinformatikanwendungen ermöglichen. Als solches einschließt es gebrauchsfertige Programme nicht in der Richtung me, dass viele Werbungspakete und freien web-basiert Schnittstellen tun (z.B. Entrez, SRS).

Einerseits liefert bioperl mehrfachverwendbare Perl-Baugruppee, die Schreibensperl-Indexe für Reihenfolgenhandhabung ermöglichen, den Zugriff der Datenbanken using eine Reichweite der Datenformate und -ausführung und die Satzgliederung der Resultate der verschiedenen Molekularbiologieprogramme einschließlich Böe, clustalw, TCoffee, genscan, ESTscan und HMMER. Infolgedessen aktiviert bioperl entwickelnde Indexe, die große Mengen Reihenfolgendaten auf Arten analysieren können, die mit Web gegründeten Systemen gewöhnlich schwierig oder unmöglich sind.

Zwecks bioperl, die Benutzernotwendigkeiten ein grundlegendes Verständnis der Perl-Programmiersprache einschließlich ein Verständnis von, wie man Perl-Hinweise, die Baugruppee, die Nachrichten und die Methoden nutzen verwendet. Wenn diese Konzepte nicht vertraut sind, angesprochen der Benutzer irgendwelche der verschiedenen einleitenden oder Zwischenbücher auf Perl -.

Weve mochte Perl-Kern-Sprache S.-Holzmers, Coriolis Technologie-Druckerei, z.B. Dieses Tutorium soll nicht die Grundlagen von Perl zu denen mit weniger oder keiner Erfahrung in der Perl-Sprache unterrichten. Einerseits benötigt hochentwickelte Kenntnisse von Perl - wie, wie man eine objektorientierte Perl-Baugruppe schreibt - nicht für erfolgreich using bioperl.

Bioperl ist freie Software, die noch unter aktiver Entwicklung ist. Die Vorteile der freier Software sind weithin bekannt. Sie einschließen die Fähigkeit ie, Quellencode und Abgabenbefreiung frei zu prüfen und zu ändern von den Software-Lizenzgebühren.

Jedoch da freie Software gewöhnlich durch viele freiwilligen Programmierer entwickelt, ist der resultierende Code häufig nicht, wie offenbar organisiert und seine Benutzerschnittstelle nicht, wie wie in einem fälligen Handelsprodukt standardisiert.

Zusätzlich in irgendeinem Projekt unter aktiver Entwicklung, können Unterlagen möglicherweise nicht mit der Entwicklung der neuen Merkmale aufrechterhalten. Infolgedessen ist- die Lernkurve für aktiv entwickelt, Quelleenquellsoftware manchmal steil.

Was in diesem Auslösen neu ist:

· Viele bugfixes und Verbesserungen gebildet, einschließlich Träger für die Satzgliederung der spätesten NCBI BÖE-Textformatänderungen, PAML 3.15 Träger, eine Taxonomie (Bio:: Sorte) Überholung, ein Bio:: Kartenüberholung, ein Bio:: SearchIO Speedup, die Einleitung eines Build.PL Installationssystems und Verlegenheiten für einige Speicherlecks in Bio:: Baum.
· Diese Version erfordert Perl 5.6.1 oder späteres.